真菌性结膜炎可在医生的指导下选用那他霉素滴眼液、氟康唑滴眼液、伊曲康唑滴眼液等眼药水。若出现眼睛红肿、疼痛、视力下降等症状，怀疑是真菌性结膜炎，应及时就医进行眼部检查、角膜刮片检查、真菌培养等，以明确诊断。
1、那他霉素滴眼液：那他霉素是一种多烯类抗真菌药物，对曲霉菌、念珠菌等常见的引起真菌性结膜炎的病原体有较强抑制作用。那他霉素滴眼液可直接作用于眼部感染部位，有效控制真菌繁殖，减轻炎症反应，缓解眼睛疼痛、瘙痒、红肿等症状。
2、氟康唑滴眼液：氟康唑属于三唑类抗真菌药，具有广谱抗真菌活性。氟康唑滴眼液能较好地渗透到眼内组织，在眼部感染部位达到有效药物浓度，对治疗真菌性结膜炎效果显著，可有效杀灭真菌，促进眼部炎症消退。
3、伊曲康唑滴眼液：伊曲康唑为三唑类广谱抗真菌药物，能干扰真菌细胞膜中麦角固醇的合成，影响真菌细胞膜的功能和结构，从而发挥抗真菌作用。伊曲康唑滴眼液可用于治疗多种真菌引起的结膜炎，其在眼内具有较好的药代动力学特性，能够持续发挥抗真菌活性，对控制真菌性结膜炎病情发展有积极意义。
日常应注意眼部卫生，不要随意用手揉眼睛，尤其是在接触可能被真菌污染的物品后。在农业劳动、园艺工作等容易接触真菌的环境中，可佩戴防护眼镜。保持眼部清洁，使用干净的毛巾擦眼。若患有其他部位的真菌感染，如足癣、股癣等，要积极治疗，避免交叉感染至眼部。避免长期使用抗生素或糖皮质激素类眼药水，以防眼部菌群失调，增加真菌感染风险。
