痛风患者、正服用抗凝血药物者、有肾脏疾病以及对豆类过敏者不宜食用纳豆。纳豆的升糖指数较低，血糖高同样可以适量吃纳豆。
1、痛风患者：纳豆在发酵过程中，豆类本身含有的嘌呤会进一步富集，而嘌呤在人体内代谢后会产生尿酸。对于痛风患者而言，尤其是处于痛风急性发作期或血尿酸水平持续较高的严重痛风患者，摄入高嘌呤的纳豆会使体内尿酸生成量大幅增加，加重肾脏排泄尿酸的负担，导致血尿酸水平进一步升高，从而诱发或加重痛风症状。
2、正在服用抗凝血药物者：纳豆中含有丰富的维生素K和纳豆激酶，维生素K是促进血液凝固的重要物质，会与华法林等抗凝血药物产生拮抗作用，降低药物的抗凝效果，增加血栓形成风险；纳豆激酶则具有一定的抗凝血、抗血栓作用，与抗凝血药物同时作用，可能导致出血倾向增加，如牙龈出血、皮下出血等。
3、有肾脏疾病以及对豆类过敏者：纳豆蛋白质含量较高，对于肾功能不全、尿毒症等严重肾脏疾病患者，肾脏对蛋白质代谢产物的排泄能力下降，食用纳豆会加重肾脏负担，加速肾功能恶化。纳豆由大豆发酵制成，保留了大豆中的部分致敏原，过敏体质者食用后，免疫系统会将纳豆中的某些蛋白质识别为外来有害物，触发免疫反应。
在食用纳豆前，不确定是否对豆类过敏的人群，可先进行过敏原检测。同时，即便不属于上述禁忌人群，食用纳豆也应控制量，避免因过量食用引发消化不良等问题。
