卵巢囊肿是否影响怀孕不能一概而论。若囊肿为生理性且体积较小，通常不会对怀孕造成影响；而病理性囊肿，尤其是体积大、双侧发病或引发其他病变者，可能会干扰受孕过程。
- 生理性卵巢囊肿较为常见，多与月经周期相关。例如卵泡囊肿和黄体囊肿，都在月经周期的特定阶段形成，一般直径小于5厘米。这类囊肿多数会在几个月经周期内自行消失，不会破坏卵巢正常结构与功能，也不会干扰排卵。当卵巢能正常排卵，输卵管畅通，子宫内环境适宜时，女性受孕几率不受影响，可正常备孕并怀孕。另外，若囊肿为良性且体积小，生长位置不影响卵巢血运及排卵，也不会对怀孕造成阻碍，卵巢依旧能发挥正常生殖内分泌功能，为受孕创造良好条件。
- 当卵巢囊肿为病理性时，影响较为显著。如巧克力囊肿，是子宫内膜异位到卵巢形成的，会破坏卵巢组织，影响卵泡发育和排卵，还可能导致输卵管粘连、扭曲，阻碍卵子与精子结合及受精卵运输，降低受孕几率。若囊肿体积较大，会占据盆腔空间，压迫周围组织，影响卵巢与输卵管正常活动，同样不利于受孕。双侧卵巢囊肿若均对卵巢实质造成破坏，卵巢功能受损严重，排卵功能障碍，怀孕难度更会大幅增加。
若患卵巢囊肿，患者备孕前应就医检查，通过妇科超声等明确囊肿是否存在、性质及大小等。若为生理性囊肿，待囊肿消退后，可正常备孕。若是病理性囊肿，且囊肿较大或性质不明，可能需进行手术切除，如卵巢囊肿剔除术。
