生殖器疱疹感染后一般2至12天发病，病毒先在神经末梢复制，后潜伏于神经节，再引发症状。此外，发病时间还受个体免疫力、感染病毒数量及毒力等因素影响。
- 在感染后的2至12天期间，病毒首先会在皮肤黏膜的感觉神经末梢部位进行复制。随后，病毒沿着神经纤维逐步上行至神经节，在神经节内潜伏下来。当病毒在神经节内完成一定程度的增殖，并且人体免疫系统尚未能完全抑制病毒复制时，病毒便会再次沿着神经纤维下行至皮肤黏膜，从而引发局部炎症反应，进而出现生殖器疱疹的典型症状。比如，在生殖器部位会出现群簇或散在分布的小水疱，这些水疱在2-4天后会破溃，形成糜烂或浅溃疡，患者通常会自觉疼痛，部分患者还可能伴有发热、头痛、乏力等全身性症状。
- 但影响生殖器疱疹发病时间的因素较为多样。个体免疫力在其中起着关键作用。免疫力较强的个体，其免疫系统能够更为迅速地识别并抑制病毒的复制，这可能导致发病时间推迟，甚至部分免疫力极强的人在感染后可能并不会发病，仅仅成为病毒携带者。反之，免疫力低下的人群，病毒更容易突破免疫系统的防御，发病时间往往会提前，而且病情通常也会更为严重。此外，感染病毒的数量和毒力也会对发病时间产生影响。若感染的病毒数量较多、毒力较强，那么病毒在体内的复制速度就会加快，发病时间可能相应缩短。
对于有过高危性行为，怀疑自己感染生殖器疱疹的人群，建议密切关注生殖器部位是否出现异常症状。一旦发现生殖器部位出现水疱、溃疡等可疑症状，应立即前往医院就医，进行相关的病毒学检查，例如病毒培养等，以便能够早期诊断并及时开展治疗。
