巧克力囊肿可以保守治疗，但这种治疗方式适用于囊肿较小、症状较轻，或是有生育需求、不适合手术的患者。
- 巧克力囊肿保守治疗主要适用于部分人群。一种是囊肿直径小于4厘米，且患者无明显症状，如轻微腹痛、经期不适等，这类患者的囊肿对身体影响较小，保守治疗可避免手术创伤。二是有生育需求的患者，保守治疗能在控制病情的同时，尽可能保留卵巢功能，为受孕创造条件。三是存在手术禁忌证，如高龄、合并严重心肺疾病等，无法耐受手术的患者，保守治疗可成为控制病情的重要手段。通过保守治疗，这些患者可有效缓解症状，维持生活质量。
- 保守治疗巧克力囊肿主要依靠药物。常用的药物包括短效避孕药，如炔雌醇，其通过调节激素水平，抑制排卵，减少卵巢内激素波动，从而使囊肿缩小，缓解痛经等症状。患者通常在连续服用短效避孕药6-12个月后，约50%的患者囊肿会有不同程度的缩小。此外，还有促性腺激素释放激素激动剂（GnRHa），如曲普瑞林，能使体内雌激素水平大幅下降，造成人工绝经状态，让异位的内膜组织萎缩，囊肿体积减小。这类药物对缓解疼痛效果显著，有效率可达80%-90%。不过，保守治疗往往需要较长时间，且存在复发风险。
若选择保守治疗，患者需定期复查，一般每3-6个月进行一次超声检查，监测囊肿大小变化。同时，严格遵医嘱服药，不可随意停药或更改剂量。在治疗期间，保持良好生活习惯，避免剧烈运动，防止囊肿破裂。若出现腹痛加剧、囊肿迅速增大等情况，应及时就医，评估是否需要转为手术治疗，如卵巢囊肿剔除术。
