水猴子疣可通过冷冻治疗、激光治疗、外用药物治疗等方式处理。该疾病一般会传染。若治疗部位出现红肿、疼痛加剧、渗液等感染迹象，应及时就医。
1、冷冻治疗：冷冻治疗利用液氮的低温，使疣体组织迅速降温，细胞内冰晶形成，导致细胞脱水、破裂，从而达到破坏疣体的目的。治疗时，医生会用棉签蘸取液氮，直接涂抹在疣体上，或者使用专门的冷冻治疗设备，将液氮喷射到疣体部位。冷冻后，局部会出现水疱，随后水疱逐渐干涸、结痂，痂皮脱落后疣体随之去除。冷冻治疗可能会有一定疼痛，部分患者在治疗后局部皮肤会出现色素沉着或色素减退，但多可逐渐恢复。
2、激光治疗：激光治疗是通过高能量的激光束直接作用于疣体，瞬间产生的高温使疣体组织气化、碳化，从而去除疣体。常用的激光有二氧化碳激光等。激光治疗能精确控制治疗深度和范围，对周围正常组织损伤较小。愈合后可能会留下轻微的瘢痕，但随着时间推移多可逐渐淡化。
3、外用药物治疗：对于不宜采用物理治疗的患者，如儿童或疣体较小者，可选择外用药物治疗。常用药物有鬼臼毒素酊。鬼臼毒素酊能抑制疣体组织细胞的有丝分裂，从而使疣体坏死、脱落。使用时需按照说明书或遵医嘱，将药物均匀涂抹于疣体表面，注意避免涂抹到周围正常皮肤。
建议：发现水猴子疣后应及时治疗，避免搔抓，防止疣体因破损而导致病毒扩散，传染至身体其他部位或他人。治疗后，保持治疗部位清洁干燥，避免沾水，按照医生嘱咐进行护理。对于易患传染性软疣的人群，如儿童，要注意个人卫生，避免与患者共用毛巾、衣物等生活用品。
