巧克力囊肿的药物治疗常使用地屈孕酮片、孕三烯酮胶囊、醋酸甲羟孕酮片等，通常效果是比较好的。对于巧克力囊肿患者，在药物治疗期间，需严格遵循医嘱按时按量服药，不可自行增减药量或停药，以免影响治疗效果。要定期进行复查，包括妇科检查、超声检查等，以便及时了解囊肿的变化情况。
1、地屈孕酮片：作为一种孕激素，能使异位的子宫内膜转化为分泌期，进而发生蜕膜样改变，抑制子宫内膜的生长，使巧克力囊肿的活性降低，有助于缓解痛经等症状，对巧克力囊肿起到一定的治疗作用。
2、孕三烯酮胶囊：属于雄激素衍生物，能抑制垂体促性腺激素的分泌，降低体内雌激素水平，使异位的子宫内膜萎缩，达到缩小巧克力囊肿的目的，可有效缓解疼痛症状，对巧克力囊肿的发展有一定的抑制作用。
3、醋酸甲羟孕酮片：是一种孕激素类药物，能作用于子宫内膜，使其转化为分泌期，抑制子宫内膜的增殖，进而使异位的子宫内膜萎缩，有助于控制巧克力囊肿的发展，对缓解痛经和减少月经量有一定作用。
患者要注意休息，避免剧烈运动和重体力劳动，尤其是在经期要防止过度劳累和腹部受压。如果在治疗过程中出现阴道不规则出血、潮热、盗汗等不良反应，应及时告知医生，以便采取相应的措施进行处理。
