清肠的目的，是要帮助肠道排出里面累积的废弃物。一般来说，人体本来就有自动清除有害物质的能力，因此不需要特别清肠。有时刻意清理，方法不对，甚至可能有害健康。清肠只有在进行大肠相关手术前需要，或当身体无法自我清理时，才在医师许可和监控下进行。以下列出几点胡乱清肠的坏处，希望大家不要再因错误清肠而伤害身体。
【泻药和灌洗会增加脱水等危险】
有一种清肠方式是使用泻药，或标榜清肠用的粉末、营养品，以及灌肠剂、花草茶等。不过这种方法常常会有拉肚子的副作用，让使用者很不舒服，还会增加脱水和电解质失衡的风险，当电解质不平衡，又可能引发头晕、腿部痉挛及心律不齐。也有报告指出，某些草药清肠剂与肝中毒和再生障碍性贫血有关，因此还是少用为妙。
另一种清肠方式是由专业人员将管道经肛门插入，直接冲洗结肠，从而排出废物。但这种方法不但没必要，而且危险。
【清肠排毒减肥的效果可疑】
目前尚无可信的研究，证明清肠是一种改善整体身体健康的有效方法。此外，清肠虽可使人短期内体重减轻几公斤，但这只是因脱水和排便，效果短暂，并非解决肥胖问题的长久之计。
【可能给肠病患者和孕妇带来麻烦】
患有肾脏或心脏相关疾病的人，可能本身就有体液及电解质不平衡的状况，若擅自清肠，可能使症状更严重，特别是有克罗恩病、溃疡性结肠炎，以及复发性憩室炎的患者。怀孕及哺乳中的妇女，也应该避免清肠，以免发生不必要的不良反应。
【肠道细菌其实不脏反而重要】
大肠是一个有大量细菌栖息的环境，一旦将其大量排出，改变体内环境，人体就有可能出问题。虽然清肠不会将所有的细菌根除，但冲洗结肠的清肠方式，很可能导致微生物环境失衡。总之，清肠的益处尚未得到研究支持，一般健康的人是没有必要进行的。
